Wednesday, October 15, 2008

SDS-Page Electrophoresis; Tris dan Trizma

Sudah lama sekali saya tidak melakukan analisa SDS-Page electrophoresis. Mungkin terakhir sekitar setengah tahun yang lalu. Maklum sekarang project di R&D sudah jarang yang perlu informasi peptide profile. Tapi kemaren ada sample baru dari Food Departement, request analisis SDS-Page elektrophoresis.

Mungkin memang betul kalau setiap prosedur analisa perlu untuk didokumentasikan dan ditulis secara detail setiap langkahnya. Karena kalau tidak, ya jadinya seperti saya sekarang ini. Karena dulu prosedur didapat dari artikel dan journal, dan tidak saya tulis dan susun kembali menjadi prosedur baku, maka ketika saya lupa, saya kesulitan untuk melakukan analisa kembali. Maklum, setengah tahun waktu yang cukup untuk memicu kepikunan. He..he..

Beruntung setelah mencari dan mengacak-acak semua tumpukan file, akhirnya artikel prosedur analisa yang saya lakukan waktu itu ketemu. Langsung saat itu juga saya baca kembali dan tulis ulang ke dalam Ms word agar lebih rapih dan mudah bila lain waktu dibutuhkan.

Oh ya.. sekedar review dan mengingatkan, SDS-page elektrophoresis adalah satu jenis analisa berdasar gel elektrophrosis yang bertujuan untuk memisahkan dan melihat profile dari molekul protein dengan menggunakan perbedaan tegangan listrik. Sebetulnya gel elektrophoresis bisa juga diaplikasikan pada DNA dan RNA. Namun khusus untuk protein, sedikit dilakukan modifikasi dengan menggunakan detergent seperti SDS. Oleh karena itu maka tehnik ini disebut SDS-page elektrophoresis.

Hampir semua analisis protein dengan metode elektrophoresis menggunakan gel poliakrilamid dan dilakukan pada kondisi dimana terjadi disosiasi dari protein menjadi individual subunit polipeptida. Dan detergent seperti SDS dikombinasikan dengan reduktor dan panas untuk mendisosiasikan protein sebelum dimasukkan ke dalam gel.

Buffer yang digunakan untuk pembuatan resolving dan stacking gel adalah tris buffer. Satu hal yang membuat saya tidak habis pikir. Pada artikel yang saya jadikan acuan, terdapat semacam catatan kaki yang mengatakan bahwa sangat penting untuk menggunakan Tris base ketimbang Trizma guna membuat Tris buffer. Hal ini karena konsentrasi garam pada Trizma terlalu tinggi dan dapat mengganggu migrasi polipeptide dalam gel, menghasilkan pita yang kabur tidak tajam.

Lho.. Memangnya apa bedanya Tris base dengan Trizma. Setahu saya kedua benda itu adalah barang yang sama. Zat yang itu-itu juga meski berbeda nama. Penasaran saya-pun googling untuk mencari jawaban.

Memang ada beberapa pendapat dan anggapan bahwa Tris base berbeda daengan Trizma. Ada juga yang mengatakan Tris base jauh lebih baik sebagai Tris buffer ketimbang Trizma. Coba cek situs berikut. http://www.bio.net/bionet/

Dari semua penelusuran yang dilakukan, kesimpulan yang dapat saya peroleh adalah; Tris base dan Trizma adalah sama. Trizma adalah nama dagang milik SIGMA untuk menyatakan Tris base. Keduanya mempunyai nama kimia yang sama, tris(hydroxymethyl)aminomethane, dengan formula (HOCH2)3CNH2.

Lalu mengapa pada artikel dikatakan bahwa penggunaan Tris base sebagai bahan pembuatan Tris buffer jauh lebih baik ketimbang Trizma sementara keduanya adalah zat yang sama?

Entahlah..

Di laboratorium saya, berhubung yang tersedia adalah Trizma, maka zat tersebut jugalah yang digunakan untuk membuat Tris buffer. Dan sejauh ini tidak ada masalah.

Sebagai informasi, anda mungkin pernah mendengar buffer Tris-Cl. Buffer Tris-Cl sejatinya adalah buffer yang dibuat dari Tris base dengan menambahkan HCl untuk meng-adjust pH sesuai yang diinginkan. Biasanya range pH yang diinginkan sekitar 7-8 (untuk DNA dan protein anlisis). Karena pH larutan Tris base adalah basa (sekitar 9-10), maka perlu dilakukan penambahan sedikit HCl untuk mencapai pH yang diinginkan.

Kemudian sebelum melakukan SDS-Page, ada baiknya dilakukan analisa soluble protein terlebih dahulu. Hal ini bertujuan untuk memperkirakan jumlah sample yang akan digunakan sehingga didapatkan pemisahan dan bentuk pita yang optimal. Karena jika jumlah sample terlalu banyak atau terlalu pekat, maka pemisahan kurang sempurna dan pita yang diperoleh akan terlalu tebal dan membentuk ekor memanjang. Sebaliknya, bila sample terlalu sedikit, pita tidak jelas terlihat.

Artikel terkait:

1 comment:

om al said...

Analisa SDS PAGE ELECTROPHORESIS kini bisa dilakukan di Semarang, yaitu di Fakultas Peternakan UNDIP. Silakan menghubungi Laboran : Pak Indarto HP: 081575483088.